生物工程系目前開設生物化工工藝1個專業，面向制藥與生物工程和營養與食品工程兩個專業群發展，向生物技術及應用、生物制藥技術、食品營養與檢測、食品生物技術4個專業發展。現有專任教師15名，生物工程系目前校內共建有8個實訓室，生物工程系與青海柴達木藥業、青海晶珠藥業、海西州農科所、海西州牧科所等單位聯合建立了校外實習基地，為充實教師授課內容和學生社會實踐提供必要條件。
專業名稱：生物化工工藝（枸杞加工方向）
專業代碼：530103
【培養目標】培養掌握生物化工專業必需的基礎理論知識和基本技能，從事生物化工產品生產、檢驗分析、技術改造和生產管理等工作的高級技術應用性專門人才。
【專業核心能力】生物化工工藝。
【主干專業課程】無機與分析化學、有機化學、化工原理、工業微生物、生物化學、生化工藝及設備、生化分離技術、生化反應技術、生化化工工藝學、生化設計概論、金工實習、認識實習、生產實習、畢業實習、畢業設計等，以及各校的主要特色課程和實踐環節。
【就業方向】生物化工、醫藥、精細化工等企業，從事生物化工產品生產、檢驗、技術改造和生產管理等工作。
【可取得的證書】化工檢驗、生化藥品制造技能證書。
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