南京農業大學信息科學技術學院可追溯至1981年成立的計算中心和1985年籌建的農業圖書情報專業。1987年設立了農業圖書情報系，1993年農業圖書情報系更名為信息管理系，本科專業名稱也于1999年更名為信息管理與信息系統專業。1994年計算中心開始招收計算機應用專業專科生，2000年計算機科學與技術本科專業開始招生。2002年，信息管理系和計算中心合并成立信息科學技術學院。目前，信息科學技術學院下設計算機科學與技術系、信息管理系及計算機與信息技術實驗中心。
經過30多年的辦學歷程及建院10多年的發展，學院已由20世紀80年代中期單一的本科教育發展成為現在的本、碩、博多層次培養體系相結合的專業教育體系。目前的信息科學技術學院共有計算機科學與技術、網絡工程、信息管理與信息系統三個本科專業，計算機科學與技術、圖書情報與檔案管理兩個一級學科碩士點，農業碩士(農業信息化領域)、圖書情報碩士兩個專業學位碩士點，以及歸屬于公共管理一級學科的信息資源管理二級學科博士點，擁有各層次全日制在校生近800人。其中，信息管理與信息系統專業為江蘇省特色專業，計算機科學與技術專業為校級特色專業，江蘇省卓越工程師計劃(軟件類)專業，情報學二級學科點為校級重點學科。此外，學院具有良好的實驗設施和教學科研環境，建有資料室、公共教學實驗室及各類專業教學實驗室。計算機與實驗設備總量達1000余臺(套)，價值1000多萬元，能夠為學生的實踐教學和教師科研活動提供良好的環境和必要的保障。
信息科學技術學院現有教職員工50余人，其中專職教師40余人，教授8人，副教授26人，具有高級職稱的教師占學院教師總數的75%以上，具有博士學位的教師占學院教師總數的65% 以上，多名教師具有一年以上歐美知名大學訪學經歷。3位教師入選江蘇省“青藍工程”優秀青年骨干教師，1位教師入選江蘇省“333高層次人才培養工程”第二層次，1位教師入選江蘇省“333高層次人才培養工程”第三層次，4位教師入選南京農業大學“鐘山學術新秀”。學院教師承擔過包括國家級重大、重點項目在內的一系列國家級、省部級項目，在科研及社會服務方面取得了豐碩的成果。
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