南京農業大學理學院成立于1996年，是南京農業大學數理化學科的教學與學術研究的主要單位。學院現設數學系、物理系、化學系和物理教學實驗中心、化學實驗教學中心，兩中心均為江蘇省基礎課實驗教學示范中心。學院現有信息與計算科學、應用化學、統計學三個本科專業;數學、化學兩個碩士一級授權點，生物物理、應用化學、化學工程等三個二級碩士授權點;天然產物化學和生物物理學兩個博士授權點。學院下設6個基礎研究與技術平臺，分別為農藥學實驗室、理化分析中心、農產品安全與質量檢測中心、農藥創制中心、應用化學研究所和同位素實驗室。2011年，我院農藥學實驗室(與植保學院共建)獲批江蘇省高校重點實驗室;2016年，我院化學學科獲批江蘇省重點(培育)學科。理學院現已成為公共基礎教育與專業教育相結合、本科生培養與研究生培養并重、教學與科研協調發展的學院。
理學院現有教職工89人，專職教師74人，其中教授11名、兼職教授7名(聘自國內外著名大學)，副教授37人。具有博士學位的教師46人，在讀博士8人，學歷層次、職稱結構及年齡結構較為合理。目前在校生約500人，其中本科生400余人，碩士、博士研究生近100人。學院現有各類實驗室3000多平方米，萬元以上儀器設備百余套，總價值數千萬元。另設有專業資料室、計算機房等。
學院先后有10人獲教育部和農業部優秀教師榮譽稱號，1人獲農業部突出貢獻的中青年專家稱號，11人獲國家政府特殊津貼。江蘇省 “333工程”培養對象3人、“青藍工程”培養對象2人，南京農業大學"鐘山學者"學術新秀2人。先后正式出版教材和專著近30本，獲國家發明獎1項，部、省級學術獎勵26項。近5年主持國家級教學科研項目30余項，承擔其他各類科研項目40余項，以第一作者公開發表的核心期刊學術論文300余篇，其中被SCI收錄近200篇。先后獲得江蘇省優秀教學成果一等獎2項、江蘇省優秀教學成果二等獎2項、江蘇省優秀課程群2項、江蘇省二類優秀課程2項。在指導全國大學生數學建模競賽和江蘇省高等數學競賽中，多次榮獲全國一等獎和江蘇賽區一等獎。
“師者,所以傳道授業解惑也”，理學院以教學立身、以育人為己任，全力打造一支教學與科研并重、綜合專業素質高的師資隊伍。我們將立足當下、展望未來，進一步解放思想、更新理念，加強教學研究與教學改革力度，不斷提高教書育人的質量。強化科研團隊建設，促進基礎性學術研究與應用技術研究的水平同步提升。加強專業和學科內涵建設，適度增加本科生、研究生招生規模，形成完備的本碩博培養模式，優化人才培養體系。倡導和諧發展理念，努力營造積極向上、奮發有為的工作氛圍，充分調動教職工的工作熱情，集聚智慧、群策群力、超越自我，促進學院全面、和諧、快速發展。
理學院將秉承教書育人理念，以學科建設為突破口，教學科研協同推進，力爭早日全面建成“中國農林類高校一流理學院”。
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