生物工程專業是我系第一個本科專業，2002年正式招生；生物工程專業2005年被確定為校級重點建設專業，2006年被確定為湖南省“十一五”重點建設專業，2008年被確定為湖南省高校特色專業，2012年被確定為湖南省高校“十二五”綜合改革試點專業。該專業圍繞生物工程專業人才培養目標，以創新人才培養模式為核心，以優化課程體系為關鍵，以強化實踐教學環節為重點，以高水平師資隊伍建設為保障，以地方生物資源和產業發展為依托，培養專業知識扎實、工程實踐能力突出、具有良好創新思維能力的高素質應用型人才，同時為研究生教育輸送優秀生源，為地方經濟建設培養生物類技術人才。
該專業現有專業教師23人，其中教授10人、副教授8人；博士8人、碩士11人，擁有省級青年骨干教師6人、校級青年骨干教師8人、省級學科帶頭人1人。該專業具有優良的辦學條件，擁有近6000平方米的教學、科研實驗室，和啤酒生產線、代謝調控室、乳制品發酵生產線、動物細胞培養室、植物組織培養室、生物分離室等校內實訓室，以及一批校外專業實驗、見習基地，教學、科研儀器設備總價值800余萬元。該專業建成微生物學、遺傳學、生物化學、細胞生物學、發酵工程等5門校級精品課程；同時擁有遺傳學、生物化學與分子生物學等2個校級重點學科。
生物工程專業以當前生命科學與技術國際發展前沿和適應市場經濟需要為基準，以發酵工程技術為重點，拓展細胞工程、基因工程、蛋白質酶工程及生物產品提取純化技術。近年來，強化學生工程素質培養，突出產學研結合，建立了湖南省工程技術研究中心(與湖南正清制藥集團、中南大學合作建立的“湖南省中藥譜效工程技術研究中心”)、湖南省高校產學研合作示范基地，完成了校企合作項目4個，獲省科技進步二等獎2項、三等獎1項；獲國家授權專利4項，轉化2項，直接經濟效益上千萬元。
該專業主要課程有微生物學、生物化學、分子生物學、細胞生物學、遺傳學、化工原理、物理化學、工程制圖、細胞工程、基因工程、發酵工程、酶工程、氨基酸工藝學、發酵食品工藝學、生物分離工程、生物工程設備、生物工程工廠設計、釀酒工藝學、有機酸工藝學等；實踐教學環節包括課程實驗教學、課程見習、課程設計、專業技能達標訓練、科技創新活動、生產實習、專業實習、畢業論文（設計）等。
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