南昌大學藥學院于2002年12月成立，目前下設藥理學、藥物化學、藥物分析、臨床藥理學、天然藥物化學、藥劑學、藥事管理與藥品營銷學、生物制藥、藥用植物與生藥學9個教研室，1個省級研究生教育創新基地。現有教職工48人，在崗專業教師41人，其中博士生導師4人，碩士生導師21人，具有博士學位的教師占專業教師總數近60%。
迄今為止，藥學院共承擔國家級研究開發項目共30余項，其中科技部“重大新藥創制”2項，“973”前項1項，國家自然科學基金近30項；到帳科研經費1000余萬元，SCI、EI、ISTP等收錄學術論文50余篇，獲新藥證書2項，專利2項，省部級等科研成果獎勵3項。
2009年9月，藥學院獲批為首批江西省研究生教育創新基地,現有藥學一級學科碩士學位授予權，在校碩士生近200人。
藥學院通過培養與引進等方式加強高素質教師隊伍建設，目前有22位教師擁有博士學位，3位教師結束國外博士后研究按期返校工作。現有3位教師正在攻讀博士學位，另有1位在本校博士后流動站進行博士后研究。
藥學院始終注重學生實際動手能力的培養，通過修訂培養方案，建立40余個固定實習基地等手段，形成了完備的實踐教學體院。藥學院現有在校生總數為460人，建院以來，有1位同學獲1項國家發明專利，有2組同學獲國家大學生創新計劃項目資助。
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