藥學院原名藥學系，于2003年7月成立，2010年1月正式更名，是學校最早成立的二級院系之一。成立以來，藥學院立足“服務地方經濟發展”的辦學理念，依托亳州中藥資源和中醫藥文化優勢，辦學規模迅速擴大，辦學特色日趨鮮明。十年來，共培養從事藥品生產、藥品調劑、藥品質量檢測、藥品營銷等方面工作的高素質、高技能、應用型人才6000多人，為學校特色院校建設和服務區域經濟發展做出了顯著的貢獻。
藥學院現有在校生3000余人。開設中藥、藥學、中藥制藥技術、藥物制劑技術、藥品經營與管理、藥品質量檢測技術、中藥鑒定與質量檢測技術、食品分析與檢驗、護理等9個專業，其中中藥為中央財政支持專業，中藥、藥學、中藥制藥技術為省級特色專業。
藥學院現有專任教師71人，兼職教師38人，其中教授及正高職稱3人，副教授及副高職稱10人，講師及中級職稱35人，碩士研究生以上學歷37人，省級專業帶頭人1人，省級教壇新秀2人；設有中藥、制藥技術、藥學綜合、藥學經濟、護理5個教研室。教師隊伍學歷職稱結構合理、業務素質較高、教學經驗豐富、科研能力較強，承擔省部級以上教研科研課題20多項，主編或參編國家規劃教材10余部，每年公開發表教研論文30余篇，承擔中央財政支持建設項目2項。
藥學院現已建成并投入使用的校內實驗實訓基地有30多個。其中省級示范實驗實訓中心2個：中藥炮制實訓中心和中藥制劑實訓中心，裝備有制備中藥飲片炮制、中藥提取及中成藥片劑、膠囊劑、丸劑、顆粒劑、滴丸劑、口服液等劑型的大型制藥機械60余臺；藥物制劑檢測實訓中心1個，擁有高效液相色譜儀、氣相色譜儀、紅外光譜儀等精密儀器；中藥標本中心1個，現收藏數千種動植物標本，標本館正在規劃建設中；藥用植物園1個，占地面積10余畝，種植藥用植物600余品種；中藥材栽培試驗田8塊，共15畝，已投入實訓教學。
藥學院始終秉承“弘德、篤學、強能、拓新”的校訓，堅持“地方性、技能型、開放式、職業化”的人才培養理念，建立并逐步完善了“院校—市級—省級—國家級”藥學專業人才技能提升機制。僅2012年，獲省級以上技能大賽獎勵5項，其中獲國家級中藥傳統技能競賽個人二等獎1項，集體三等獎1項。
藥學院依托亳州中華藥都優勢，主動參與并積極推進《安徽省（亳州）現代中藥產業發展規劃（2009-2020）》的實施，堅持走“工學結合、校企合作”之路，現擁有功能多樣、管理良好、合作共贏的校外實習實訓基地30余家。已與安徽華佗國藥廠、安徽濟人藥業、安徽省藥物研究所、上海益豐醫藥公司、江蘇昆山瑞豐百佳惠醫藥公司、揚子江藥業集團等藥業企業建立良好校企合作關系，建有“揚子江藥業班”、“濟人班”、“華佗班”、“瑞豐班”、“益豐班”等訂單班。多年來，畢業生就業率一直保持在99%以上，學生、家長、企業、社會滿意度較高。
藥學院全體教職員工將進一步解放思想，更新觀念，爭先進位，開拓進取，努力為培養合格的高素質、高技能藥學人才做出新的更大的貢獻。
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