華東理工大學是教育部重點院校中最早設立工科類藥學專業的學校，設立的專業包括化學制藥和抗菌素，1998 年化學制藥專業調整為制藥工程專業。2008年入選教育部特色專業，2010年入選教育部首批“卓越工程師計劃”試點專業，2011年獲批與上海醫藥集團共建國家級工程實踐教育中心，2012年入選教育部專業綜合改革試點。本專業于2012年底通過國家工程教育專業認證，為國內首個通過認證的同名專業。
學院制藥工程專業的師資力量雄厚，教師具有豐富的教學、科研工作經驗和能力。現有教職工 25 人，其中教授 11 人，副教授 10 人，講師 4 人。本專業自 1953 年招生以來，已為國家培養輸送了包括中國科學院院士在內的超過 3500 名畢業生，其中許多人在各自的企事業單位中擔任領導工作，發揮著重要的作用。近年來，本專業承擔了若干個國家級的科研項目，開發了若干個二類新藥，并與企業聯手開發了許多藥物及中間體，體現了專業教師的科研水平。
除了本科教學外，本專業還設有制藥工程與技術博士和碩士點，以及制藥工程工程碩士點。每年招收本科生 90 名左右（其中30名將被遴選入卓越工程師班），碩士生 40 名左右。本專業擁有實驗室面積 1000 多平方米，部分改造后達到了國內一流水平，裝備了一批精良的實驗儀器設備。同時，學校還擁有實力雄厚的國家級的分析測試中心。近年來圍繞著新世紀對高素質人才提出的更高要求，本專業對實驗教學的內容與形式作了相應的改進和提高，還與上海市中醫藥大學合作培養復合型的中藥制藥工程技術的人才。本專業涉及化學制藥、中藥制藥、生物制藥及農藥制藥等領域，它們均屬國家重點發展的生物醫藥行業領域，在國計民生中占有極其重要的地位。本專業的目標是培養具有厚實的理論知識、寬闊的專業知識、扎實的實驗技能，能從事藥物的研究開發，更擅長從事制藥企業工程技術管理工作的高級制藥工程技術人才。
本專業設立的主要課程包括：有機化學、物理化學、生物化學、化工原理、工程制圖、藥物化學、藥物分析、藥理學、制藥工程學、制藥工藝學、藥物合成反應、藥品生產質量管理規范（GMP）等。
本專業培養的畢業生分配去向主要有：出國或考研究生繼續深造，中外獨資或合資的制藥企業、藥物研制開發的研究單位及設計單位、藥品質檢單位、藥品流通單位及教學單位。此外，本專業畢業生亦能適應與食品、日化及精細化工等相關的企事業單位。
本專業學制 4 年，學生達到教學要求后，可獲得本科畢業證書和工學學士學位證書。
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