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水運工程系是安徽省唯一具有遠洋船員教育和培訓資質的高校。學院嚴格按照《STCW公約》馬尼拉修正案和《中華人民共和國船員培訓管理規則》要求建設，并獲得國家海事局頒發的船員教育和培訓許可證書、質量管理體系證書。畢業生在校期間將獲得國家海事局頒發的、全球通用無限航區一類船舶適任證書，能從事環球航線海洋運輸及相關管理工作。
學院水運工程系現有航海技術、輪機工程技術兩個專業，擁有航海實訓中心、輪機實訓中心和多個校企合作實習實訓基地；擁有一支政治素質過硬、業務精湛的教師隊伍。專業教師持有海船適任證書比例為100%，高級職稱教師比例為44%。主要培養具有無限航區一類三副、三管輪實際操作和管理能力、能勝任現代化船舶駕駛與管理的高級應用型人才。
水運工程系實行半軍事化管理，嚴格按照船員教育和培訓質量管理體系要求培養社會緊缺的高技能航海人才，畢業生供不應求、待遇優厚，有著較高的行業知名度和社會聲譽。
| 專業名稱 | 專業榮譽 | 培養目標 | 就業方向 | 主修課程 | 職業資格 | 招生要求 |
| 航海技術 | 中央財政支持提升專業服務產業發展能力重點建設專業、安徽省特色專業 | 培養符合《STCW 公約》馬尼拉修正案和《中華人民共和國海船船員適任標準》要求，具有良好的職業道德和愛崗敬業精神，具有無限航區一類三副實際操作管理能力的，能勝任現代化船舶駕駛與管理的高級應用型人才。 | 畢業生主要面向全國海（航）運企業，從事遠洋、沿海船舶運輸和技術管理工作，也可在海事局、港監局等相關的管理部門或海事類培訓機構從事相應的工作。 | 航海學、船舶結構與貨運、航海英語、船舶操縱與避碰、船舶管理等。 | 熟悉與基本安全、精通急救、精通艇筏、高級消防等證書、保安意識與負有指定保安職責證書；無限航區船舶值班水手適任證書，GMDSS操作員適任證書，無限航區一類三副適任證書 | 只招男生，身高不低于1.65米，雙眼矯正視力均能達4.8以上，無色盲，四肢無殘缺。 |
| 輪機工程技術 | 培養符合《STCW 公約》馬尼拉修正案和《中華人民共和國海船船員適任標準》要求，具有良好的職業道德和愛崗敬業精神、具有無限航區一類三管輪的實際操作技能和管理能力、能勝任現代化船舶機電管理技術要求的高級輪機管理應用型人才。 | 畢業生主要面向全國海（航）運企業，從事遠洋、沿海運輸船舶的輪機技術管理工作，也可從事機電設備、工程機械相關行業工作，或在海事局、港監局等相關的管理部門或海事類培訓機構從事相應的工作。 | 主推進動力裝置、船舶輔機、輪機維護與修理、船舶電氣設備、船舶管理、輪機英語、輪機自動化等。 | 熟悉與基本安全、精通急救、精通艇筏、高級消防等證書；保安意識與負有指定保安職責證書，無限航區船舶值班機工適任證書，無限航區一類三管輪適任證書。 | 只招男生，身高不低于1.55米，雙眼矯正視力均能達4.8以上，無色盲，四肢無殘缺 |
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