本院具有集自然科學、社會科學和工程技術為一體的綜合性學科群，下設地理科學系、地質科學系、環境科學與環境工程系和水文與水資源工程系4個學系，擁有博士后科研流動站2個（地理學、地質學）；國家級重點學科、一級學科博士點1個（地理學）；甘肅省重點學科3個（地理學、地質學、環境科學）；二級學科博士點8個（自然地理學、人文地理學、地球系統科學、生物地理學、遙感與地理信息系統、第四紀地質學、古生物與地層學和環境科學）；14個碩士點（自然地理學、人文地理學、地球系統科學、生物地理學、地圖學與地理信息系統、城市與區域規劃、礦物學巖石學礦床學、地球化學、古生物學與地層學、構造地質學、第四紀地質學、水文學及水資源、環境科學、環境工程）；8個本科專業（地理科學、資源環境與城鄉規劃管理、地理信息系統、地質學、地球化學、環境科學、環境工程、水文與水資源工程）；教育部重點實驗室1個（西部環境），國家級創新群體1個（西部環境變化），國家級理科人才培養基地1個（地理科學）。
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