甘肅中醫學院臨床醫學院設有臨床醫學五年制本科、臨床醫學免費定向五年制本科及臨床醫學專科起點二年制本科三個專業（方向）。臨床醫學院設有辦公室、團總支以及診斷學、內科學、外科學三個教研室；在五所附屬醫院設有25個教研室，共有專兼職教師134名，其中教授26名，副教授57名，講師51名。現有管理人員10名，臨床醫學院院長劉麗、黨總支書記齊彤、副院長張華。截至2014年3月，臨床醫學院學生共計1640人。臨床醫學專業自2002年起開始招收五年制本科，2006年開始招收臨床醫學專科起點本科，2010年開始招收臨床醫學免費定向本科。
近年來，我院辦學實力、辦學水平不斷提升，社會影響不斷擴大，生源質量逐年提高，招生分數呈現逐年上升態勢，2011年臨床醫學專業最低錄取分為480分，高于分數線32分；2012年最低錄取分為500分，高于分數線38分，2013年最低錄取分為481，高于分數線51分。
專業建立十余年來，以甘肅省人民醫院、附屬蘭州市第一人民醫院、附屬蘭州石化總醫院、附屬酒泉市人民醫院、附屬天水市第一人民醫院五所三級甲等醫院為依托，采取基礎課與專業課分段式教學的方式不斷提高教學質量，在各個專業的學生培養中，已經形成了理論教學扎實，實踐教學突出的鮮明特色。2013年3月，臨床醫學院組隊參加了在西安交通大學第一附屬醫院舉行的第四屆全國高等醫學院校大學生臨床技能競賽西南西北分區賽，獲得三等獎的好成績。
我院在培養學生專業技能的同時，注重學生綜合能力的提升，臨床醫學院以團總支、團支部為主體，以“大學生社團文化藝術節”和“大學生學術科技創新博覽節”等活動為載體，開展了豐富多彩的校園學術、科技、文化及體育活動。學生通過活動，陶冶了情操，強健了體魄，培養了創新精神，提高了實踐能力，實現了第二課堂對第一課堂的有效補充和積極促進，學生綜合能力大幅提高，畢業生就業率連續5年達到100%，就業層次穩步提高，實現了培養應用型人才，服務甘肅地方醫藥衛生事業的發展的培養目標。2014年臨床醫學專業本科畢業生共235人，專升本畢業生38人。
臨床醫學院在本科教育快速發展的同時，研究生教育也取得了突破性進展，2011年獲得臨床醫學一級學科碩士授權點，授權點涵蓋了內科學、外科學、婦產科學、兒科學、影像醫學與核醫學、臨床檢驗診斷學、護理學、老年醫學、神經病學、精神病與精神衛生學、皮膚病與性病學、眼科學、耳鼻咽喉科學、腫瘤學、康復醫學與理療學、運動醫學、麻醉學、急診醫學等18個二級學科，同時與甘肅省人民醫院、蘭州軍區總醫院等多家醫院共同合作，建立了穩定的研究生培養基地。2012年起，臨床醫學院招收碩士研究生23名，2013年招收29人。
甘肅中醫學院臨床醫學院將繼承和發揚甘肅中醫學院的優良傳統和辦學精神，秉承“仁術勤和，玉汝于成”的育人理念,堅持“勤奮、嚴謹、繼承、創新”的校風學風，不斷優化、整合學校和各附屬醫院優勢與力量，培養符合社會發展的應用型醫學人才。
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