現金清查的基本方法是清點庫存現金，并將現金實存數與現金日記賬上的余額進行核對。實存數是指企業金庫內實有的現款額，清查時不能用借條等單據來抵充現金。每日終了應查對庫存現金實存數與其賬面余額是否相符。
定期或不定期清查時，一般應組成清查小組并負責現金清查工作，清查人員應在出納人員在場時清點現金，核對賬實，并根據清查結果填制“現金盤點報告單”，注明實存數與賬面余額。如發現現金賬實不符或有其他問題，應查明原因，報告主管負責人或上級領導部門處理。對于預付給職工或內部單位尚未使用的備用金或剩余備用金，應及時催促報銷或交回，采用定額備用金制度的企業，一般是在年終時進行一次清理，收回撥付的定額數，下一年度再根據實際需要重新規定定額，撥付現金。
為了防止挪用現金，各部門或車間必須配備備用金負責人進行管理，財會部門應進行抽查。對于現金清查中發現的賬實不符，即現金溢缺情況，通過“待處理財產損溢——待處理流動資產損溢”科目進行核算。現金清查中發現短缺的現金，應按短缺的金額，借記“待處理財產損溢——待處理流動資產損溢”科目，貸記“庫存現金”科目；現金清查中發現溢余的現金，應按溢余的金額，借記“庫存現金”科目，貸記“待處理財產損溢——待處理流動資產損溢”科目，待查明原因后按如下要求進行處理：
（1）如為現金短缺，屬于應由責任人賠償的部分，借記“其他應收款——應收現金短缺款”或“庫存現金”等科目，貸記“待處理財產損溢——待處理流動資產損溢”科目；屬于應由保險公司賠償的部分，借記“其他應收款——應收保險賠款”科目，貸記“待處理財產損溢——待處理流動資產損溢”科目；屬于無法查明的其他原因，根據管理權限，經批準后作為盤虧損失處理，借記“管理費用”科目，貸記“待處理財產損溢——待處理流動資產損溢”科目。
（2）如為現金溢余，屬于應支付給有關人員或單位的，應借記“待處理財產損溢——待處理流動資產損溢”科目，貸記“其他應付款——應付現金溢余”科目；屬于無法查明原因的現金溢余，經批準后作為盤盈利得處理，借記“待處理財產損溢——待處理流動資產損溢”科目，貸記“營業外收入——盤盈利得”科目。
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