在會計賬務處理中，除“準則”及制度作出明確規定的普遍性業務處理之外，還會經常遇到一些非常規的特殊事項，這些問題也是會計核算的難點。
“補貼收入”在會計報表如何設置
對企業收到的即征即退、先征后退、先征后返的增值稅，按現行財會制度規定，應通過“補貼收入”會計科目核算。“補貼收入”科目屬“損益類”科目，期末無余額，該科目的經濟業務只在“損益表”中反映。損益表中無“補貼收入”項目，可在“營業外收入”項目中反映。
被稅務局檢查需要補繳的所得稅處理
(一)調整應繳所得稅
借：以前年度損益調整
貸：應繳稅金———應繳所得稅
(二)將“以前年度損益調整”科目余額轉入利潤分配
借：利潤分配———未分配利潤
貸：以前年度損益調整
(三)補繳稅款時
借：應繳稅金———應繳所得稅
貸：銀行存款
對查補的以前年度企業所得稅，在編制資產負債表時，通過“未分配利潤”項目來反映。
貨物收料在前、付款在后或發票未到的賬務處理
(一)收到貨物時估價入賬：
借：原材料
貸：應付賬款———暫估應付款
下月初用紅字沖銷。
(二)收到發票時：
借：原材料
應繳稅金———應繳增值稅(進項稅額)
貸：應付賬款
如果收到發票余額與暫估價款不一致，且原材料已領用，其差額應沖銷銷售成本。
代理出口的會計處理
(一)收到代出口商品時
借：受托代銷商品
貸：代銷商品款
(二)出口銷售時，按實際售價
借：銀行存款(應收賬款等)
貸：應付賬款
同時結轉商品銷售成本，
借：代銷商品款
貸：受托代銷商品
(三)歸還出口商品貨款并計算代銷手續費收入
借：應付賬款
貸：代購代銷收入(手續費收入)
銀行存款
(四)代理進口
1.收到委托單位的收購資金時：
借：銀行存款
貸：應付賬款
2.支付代購進口商品貨款及運雜費時：
借：商品采購(進價成本)
應收賬款(代墊運雜費)
貸：銀行存款
3.將購進商品移繳委托方并結算手續費收入時：
借：應付賬款
貸：商品采購(進價成本)
應收賬款(代墊運雜費)
代購代銷收入(代理手續費)
銷售房產收取預收房款的賬務處理
銷售房產預收房款，由于通過“預收賬款”科目反映，尚未結轉經營收入，因此，收據與發票的金額不會重復。
預收售房款，開收據時：
借：銀行存款
貸：預收賬款
收最后一期房款，開發票時：
借：銀行存款(最后一期房款)
預收賬款(以前預收部分)
貸：主營業務收入
此處應注意，預收購房款應在收到時計算應繳稅金，年末未形成銷售的還要預繳企業所得稅。
銷售免稅貨物的增值稅稅務和賬務處理
某廠為生產銷售飼料行業，銷售的對象為飼料經銷商及養殖戶，他們大部分不需要發票。不需要發票的部分銷售額在會計上應如何處理?如飼料：
借：銀行存款(現金)等科目
貸：產品銷售收入(營業收入)等
應繳稅金——應繳增值稅
由于銷售飼料免征增值稅，屬于直接減免性質，則同時按不含稅收入乘以適用稅率計算免稅額做賬。
借：“應繳稅金———應繳增值稅(減免稅款)”科目
貸：“補貼收入”科目
另外，企業應在“應繳增值稅明細表”的“已繳稅金”項目下，增設“減免稅款”項目，反映企業按規定減免的增值稅款，可根據“應繳稅金———應繳增值稅(減免稅款)”科目的記錄填列;在填報“增值稅納稅申報表”時，直接在“銷項”項目的“免稅貨物”反映其“銷售額”即可，不需填報“稅額”。
增值稅出現“應繳增值稅”借方余額的賬務處理
“因當期銷項稅額小于當期進項稅額不足抵扣時，其不足部分可以結轉下期繼續抵扣。”因此，當“應繳稅金———應繳增值稅”科目出現借方余額時，該期不需繳納增值稅，該借方余額即反映為尚未抵扣完的進項稅額。
分期收款銷售的商品對方已不存在的會計處理
(一)合同、協議約定采用分期收款銷售方式
賬務處理通過“分期收款發出商品”科目核算，否則不通過此科目，直接記入“產品銷售收入”科目核算。
(二)購貨單位已不存在的情況
在這種情況下，貨款事實上收不回來，應作為壞賬處理，轉入管理費用。
款已付清但發票未到的賬務處理
外購貨物已驗收入庫，貨款已付清，但購貨的增值稅專用發票未到，可先按實際付款額進行會計處理：
借：“庫存商品”等科目
貸：“銀行存款”科目
待取得專用發票時，用紅字沖銷上述分錄，再按專用發票上注明的金額、稅額進行會計處理：
借：原材料
應繳稅金———應繳增值稅(進項稅額)
貸：銀行存款
為合資企業提供的固定資產的估價和賬務處理
收到投資的廠房和機器設備時，會計處理為：按照投資單位的賬面原價，借記“固定資產”等科目，按照新確認的價值，貸記“實收資本”，賬面原價大于新確認價值的差額，貸記“累計折舊”科目;新確認的價值大于賬面原價的，則按照新確認的價值，借記“固定資產”，貸記“實收資本”。
因出口單證不齊而造成無法退稅的賬務處理
對實行“先征后退”增值稅的生產型出口企業，其內銷與出口的銷售額，均應按月計算銷項稅額記入“應繳稅金———應繳增值稅(銷項稅額)”科目并如實申報納稅，不能因為申請出口退稅的出口單證不齊造成的當期無法退稅，而把出口的銷售額的銷項稅額記入“待攤費用———待轉增值稅銷項”科目。
征稅是在應稅行為發生后計算征收的，出口退稅是出口單證齊全后辦理的退稅，兩項不能等同。由于單位申報納稅時把出口銷售額因出口單證不齊而零申報，以至發生銷項稅額不齊，全額抵扣進項稅額后，出現期末留抵稅額，是不正確的做法。
供貨方當月發出商品但不開具發票的賬務處理
購銷雙方合同約定“發貨后三個月收款”，專用發票的開具時間為“合同約定收款日期的當天”。賬務處理如下：
(一)發出商品時：
借：分期收款發出商品
貸：庫存商品
(二)開出發票時：
借：應收賬款———某公司
貸：應繳增值稅———銷項稅額
商品銷售收入
同時結轉商品銷售成本。
借：商品銷售成本
貸：分期收款發出商品
(三)收到貨款時：
借：銀行存款
貸：應收賬款———某公司
促銷品的賬務處理問題
企業在促銷時，會把一些商品按進價贈送給消費者使用。如企業為小規模納稅人，其會計分錄為：
借：營業外支出
貸：庫存商品
應交稅金--應交增值稅
銷貨發票與增值稅計稅價出現賬款不相符的處理
一般納稅人銷售貨物開具發票，如按照增值稅計稅價格計算，出現賬款不相符的情況，其賬務處理為：
發生時：
借：銀行存款
貸：產品銷售收入
應交稅金———銷項稅
結轉時：
借：其它應付款———現金長款
貸：應交稅金———應交增值稅(銷項稅額)
借：現金
貸：其它應付款———現金長款
處理：經批準后作營業外收入處理
借：其它應付款———現金長款
貸：營業外收入
超額列支工資等致使少納所得稅被查補的會計處理
由于超額列支了工資、交際應酬費，當地稅務機關對某公司作出了補稅罰款的處理決定，如果是上一年變的，所作會計分錄為：
計提所得稅時：
借：利潤分配
貸：應繳稅金
支付罰款時：
借：利潤分配———稅收罰款
貸：銀行存款
繳納稅金時：
借：應繳稅金———應繳所得稅
貸：銀行存款
來料加工企業的賬務處理
投資企業對外進行來料加工裝配業務而收到的原材料、零配件等，應單獨設置“受托加工來料”備查科目和有關的材料明細賬，核算其收發結存數額，不核算金額，不編制會計分錄。在對來料進行加工過程中，只對構成加工產品實體的其它材料的成本及人工費等進行金額上的核算和賬務處理。
會計分錄如下：
收到來料時，不編制會計分錄，只對“受托加工來料”備查科目中對應的材料明細賬進行數額登記。領取“來料”及其它材料用于制造加工產品時，對“來料”領取的處理同上，對領取其它材料則借記“生產成本”科目，貨記“原材料”等科目。完工時，借記“庫存商品”科目，貸記“生產成本”等科目。
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