園藝學院是由原南京農業專科學校（1958年創辦，1984年復校）的園藝系和由原金陵職業大學（1980年創辦）的風景園林教研室組建而成（2003年7月）。
園藝學院是我校最早建立的院部之一，現有教職工47人，專任教師44人，其中教授7人，副教授20人，其它系列高級職稱2人，高級職稱29人，占62%，中級18人，中級職稱占38%；具碩士學位以上教師40人，占85%，其中具有博士學位教師17人，占36%；在校生1103人；招生專業有園藝專業、園林專業、設施農業科學與工程專業、中美合作---園藝（農業生物技術，2010年招生），園藝專業、園林專業均為學校特色專業。
園藝學院內設園藝系、園林系、設施農業科學與工程專業系、專業基礎課部和園藝學院實驗教學中心等5個教學單位，園藝學院實驗教學中心建有土壤肥料學、微生物學、植物學、植物組織培養學、蔬菜學、觀賞園藝學、植物保護學、計算機輔助園林設計室、園林制圖室、園林工程室等27個實驗室，校內實驗實訓基地1個，教學儀器設備總值達800萬元，萬元以上設備達120臺（套），設有金陵科技學院國家職業技能鑒定所---園藝學院職業技能鑒定站，能夠承擔種植專業初、中、高三個等級的職業技能鑒定，設有金陵科技學院傅家邊綠豐茶葉研究所和南京金陵科技園林規劃設計(院)有限公司兩個產學研合作機構。
歷年來，園藝學院教師積極開展教研、科研活動，多項科研成果通過農業部及省、市的鑒定并受嘉獎，為社會培養園藝園林等專業人才6000余人。
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