農畜特產品加工專業是學院主干專業之一，也是學院的一個新興專業。該專業建立在校內的畜產品加工中心、食品化學分析室、食品微生物檢驗室等實訓，建立在校外的廣州雨潤集團、青海省天露乳業、青海天成大榮公司等實訓基地，完全滿足專業教學實驗、實訓、生產實習的需要。目前學院正與青海天成大榮有限公司籌建“天成青牧”畜產品加工基地和理實一體化實訓基地，能使學生真正做到“做中學、學中做”，學生畢業后可直接在該公司全部就業。
該專業全面推進“校企合作、工學結合”，探索多元式化的校企合作辦學機制，與雨潤集團、天露乳業、天成大榮等企業基本實現了“四個合作”（合作辦學、合作育人、合作就業、合作發展）。現開設有畜產品化學與分析技術、畜產品微生物、畜產品營養與衛生、畜產品機械與設備、畜產品加工工藝技術、畜產品包裝技術、畜產品保鮮技術、乳與乳制品加工技術、肉與肉制品加工技術、蛋與蛋制品加工技術、畜產品衛生檢驗技術、畜牧獸醫概論、畜禽副產品開發利用技術、畜產品市場營銷等專業課程。
該專業主要培養適應畜禽產品加工行業生產、管理和服務第一線需要的德、智、體、美、勞等全面發展的高端技術技能型人才，培養的學生具有扎實的專業基礎理論知識和從事畜產品生產、加工、營銷工作的基本技能，具有良好的職業道德和敬業精神。學生畢業后，可從事企業的生產工藝設計、新產品開發、質量檢測、經營管理、科研成果推廣、農畜產品質量監督檢測等工作，也可在農畜特產品加工行業自主創業。
由于近年來國內許多大型畜產品加企業（乳制品廠、肉制品廠、蛋制品廠等）對本專業的人才需求量越來越大，因此該專業就業前景非常廣闊。
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