有些宿主細胞不能全部提供病毒復制所需的必要因子，致使所復制的病毒為不完整的、無感染性的病毒顆粒或亞顆粒。這類感染過程有以下3種類型：
（1)流產感染。流產感染分為依賴于細胞的流產感染和依賴于病毒的流產感染。病毒感染的細胞是病毒不能復制的非允許細胞，將導致依賴于細胞的流產感染。非允許細胞內，缺失某些參與病毒復制的酶、tRNA或細胞因子，往往僅有少數病毒基因表達，不能完成病毒復制循環。允許細胞和非允許細胞是相對的，一種病毒的允許細胞可能是另一種病毒的非允許細胞，反之亦然。依賴于病毒的流產感染是由基因組不完整的缺損病毒引起，無論是感染允許細胞還是非允許細胞都不能完成復制循環。
（2)限制性感染。因細胞的瞬時允許性產生，其結果或是病毒持續存在于受染細胞內不能復制，直到細胞成為允許性細胞，病毒才能繁殖，或是一個細胞群體中僅有少數細胞產生病毒子代。
（3)潛伏感染。在受染細胞內有病毒基因組持續存在，但并無感染性病毒顆粒產生，而且受染細胞也不會被破壞。潛伏感染的另一個極端情況是由于病毒基因的功能表達導致宿主基因表達的改變，以致正常細胞轉化為惡性細胞。
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