1、血常規檢查
發病早期外周血白細胞計數升高，痙咳期最為明顯，常為（20～50)×109/L，其中以淋巴細胞為主，一般>60%，亦有高達>90%者，多為成熟的小淋巴細胞，是因淋巴細胞促進因子促使脾及其他淋巴器官釋放至血的淋巴細胞增加，并使血中淋巴細胞進入毛細血管及淋巴管減少。有繼發感染時中性粒細胞增高。
2、細菌學檢查
（1)細菌培養：發病早期采用鼻咽拭子或咳碟法培養陽性率較高，發病第1周可達90%左右，以后逐漸降低，至第4周陽性率只有2%.鼻咽拭子法：是用棉拭子經鼻腔進人，取鼻咽部分泌物接種于培養皿中。咳碟法：當患者咳嗽時用含血培養基平皿置于距患者口部5～10cm處，待飛沫人平皿內，立即將咳碟送37℃溫箱培養，目前認為鼻咽拭培養法優于咳碟法。
（2)單克隆抗體菌落印跡試驗：用抗百日咳桿菌LPs和FHA單克隆抗體菌落印跡試驗檢測待檢標本，與二者均呈陽性斑點反應者為百日咳桿菌。此法快速，48h可出結果，敏感性高，可用于早期診斷。
（3)熒光抗體法：用鼻咽拭分泌物涂片，或鼻腔黏膜壓片，以熒光抗體染色檢測特異抗原，在早期陽性率達75%～85%可協助診斷，但要注意有假陽性。
3、血清學檢查
留取急性期和恢復期雙份血清。用血凝抑制試驗或補體結合試驗方法，檢測特異性抗體，主要用于回顧性診斷或不典型病例的輔助診斷；酶聯免疫吸附試驗可以測定百日咳特異性IgM、IgG、IgA抗體作為早期診斷的依據，對細菌培養陰性者更有意義。
4、分子生物學檢測
用PCR檢測患者鼻咽分泌物百日咳桿菌DNA，具有快速、敏感、特異的診斷價值。
5、嘌呤環化酶（AC)活性檢測
此法最大的優點是快速，且陽性率高，用于早期診斷有較大前途。異性抗體，主要用于回顧性診斷或不典型病例的輔助診斷；酶聯免疫吸附試驗可以測定百日咳特異性IgM、IgG、IgA抗體作為早期診斷的依據，對細菌培養陰性者更有意義。
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