在生物體內存在一些可以水解甘油磷脂的磷脂酶類，其中主要的有磷脂酶A1、A2、B、C和D，它們特異地作用于磷脂分子內部的各個酯鍵，形成不同的產物。這一過程也是甘油磷酯的改造加工過程。
磷脂酶A1：自然界分布廣泛，主要存在于細胞的溶酶體內，此外蛇毒及某些微生物中亦有，可有催化甘油磷脂的第1位酯鍵斷裂，產物為脂肪酸和溶血磷脂2。
磷脂酶A2：普遍存在于動物各組織細胞膜及線粒體膜，能使甘油磷脂分子中第2位酯鍵水解，產物為溶血磷脂1及其產物脂肪酸和甘油磷酸膽堿或甘油磷酸乙醇胺等。
溶血磷脂是一類具有較強表面活性的性質，能使紅細胞及其他細胞膜破裂，引起溶血或細胞壞死。當經磷脂酶B作用脫去脂肪酸后，轉變成甘油磷酸膽堿或甘油磷酸乙醇胺，即失去溶解細胞膜的作用。
磷脂酶C：存在于細胞膜及某些細胞中，特異水解甘油磷脂分子中第3位磷酸酯鍵，其結果是釋放磷酸膽堿或磷酸乙醇胺，并余下作用物分子中的其他組分。
磷脂酶D：主要存在于植物，動物腦組織中亦有，催化磷脂分子中磷酸與取代基團(如膽堿等)間的酯鍵，釋放出取代基團。
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