病毒mRNA在宿主細胞聚核糖體上翻譯合成病毒結構蛋白和非結構蛋白，結構蛋白是病毒結構的組成成分，非結構蛋白雖然不是病毒的結構成分，但是在病毒復制中具有重要功能，大多是一些催化、調節病毒復制的酶類和調控蛋白。
通常動物病毒mRNA僅翻譯一條連續的完整的病毒多肽鏈，這種mRNA叫做單順反子mRNA (Monocistronic mRNA) 。分段基因級病毒，如流感病毒，核酸分為8個節段，每一節段轉錄一條mRNA，翻譯一種病毒蛋白。有的病毒，如脊髓灰質炎病毒，病毒RNA本身做為,mRNA，首先翻譯出一大分子蛋白，然后在特殊位點被細胞或病毒蛋白水解酶裂解為許多小分子病毒蛋白，包括結構蛋白和非結構蛋白。也有的病毒，如披膜病毒，基因組上有多處轉錄起始和終止碼，分別轉錄出單順反子mRNA并合成各自的病毒蛋白。DNA的轉錄發生在細胞核內，轉錄產物經剪切拼接，并在3'端聚腺苷酸化，5'端加上甲基化帽，轉送入胞漿，合成病毒蛋白。
某些病毒蛋白合成后需要修飾，如磷酸化、糖基化等。由病毒和細胞的蛋白激酶完成磷酸化，這是活化或滅活某些蛋白的一種方式。病毒糖蛋白是在胞漿中與膜相連的核糖體上合成，經粗面內質網、平滑內質網、高爾基氏體到達細胞膜，在此過程中被糖基化。
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