員工出差過程中發生的相關費用與差旅費補助是兩個概念。員工出差過程中發生的相關費用屬于與企業經營相關的費用，如員工墊付費用，企業可以根據實際情況報銷，同時根據《中華人民共和國企業所得稅法》及其實施條例的規定，企業發生的與取得收入直接相關的、符合生產經營常規的必要和正常的支出，準予在計算應納稅所得額時扣除。企業所得稅稅前扣除應符合三個基本原則：真實性、相關性、合理性。真實性是稅前扣除的首要原則，要求納稅人提供證明支出確屬實際發生的合法、有效憑證。
企業支付給員工的差旅費補助是對員工的額外現金補助，屬于工資、薪金的一部分。關于差旅費補助的標準由財政部門制定，目前對企業無具體標準，僅對中央和國家機關以及參照公務員法管理的事業單位有明確的規定，具體內容請參見《中央和國家機關差旅費管理辦法》（財行[2013]531號）。因此，對于行政事業單位按照財行[2013]531號文件規定的標準，發放給出差人員的差旅費包干補助，可按《國家稅務總局關于印發征收個人所得稅若干問題的規定的通知》（國稅發[1994]089號）第二條的規定，不予征收個人所得稅，超過標準的部分，應并入職工當月工資計征個人所得稅。
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