建筑工程系創建于1980年10月,是我校最早創建的系部之一。現有土木工程、建筑學、工程管理、交通工程和土木工程（2+3）五個本科專業，在校生1400余人；教職員工46人，其中教授4人，副教授14人、博士10人，專業教師中具有碩士、博士學位的比例達90%以上。
建筑工程系下設土木工程、工程管理、建筑學、交通工程和實驗技術5個教研室和土木工程管理研究所、建筑物理與節能研究所（中德共建），承擔著全系各專業的教學工作以及校內外建筑工程設計、工程咨詢和相關科研項目。系實驗中心擁有工程測量、土木工程材料、工程力學、土力學、建筑結構、道路工程、工程地質、建筑物理、建筑模型、建筑電氣與設備、結構工程數字仿真技術、建筑學創新、交通工程、流體力學、工程管理等15個實驗室，實驗室固定資產約1600萬元，設備先進，其中許多設備是從德國進口。
建筑工程系在辦學過程中圍繞素質教育，按照德、智、體、美全面發展的要求，遵循“地方性、應用型、國際化”的辦學定位，秉承“厚德、博學、善思、致用”的校訓，堅持以教育教學及人才培養為中心，逐步建立起融傳授知識、能力培養、提高綜合素質為一體，適應社會和經濟發展需要的專業人才培養模式。為培養應用型人才，建筑工程系與合肥市住房和城鄉建設委員會、合肥市建筑業協會以及多家大型建筑企業合作辦學，共建實踐教學基地和畢業生實習基地，構成了較為完善的實踐教學體系。
根據安徽省與德國下薩克森州1985年3月簽訂的友好協議，建筑工程系作為與德國應用科技大學合作共建系，與下州有關高校建立了密切的學術交流和合作關系，雙方每年都有多名教師從事教學和科研交流，以及學習進修。2006年，建筑工程系按照與德國希爾德斯海姆應用科學大學的合作辦學協議，開設了土木工程（2+3）專業，實現了中德合作培養本科生的目標，已有近60名學生赴德攻讀學士、碩士學位。在30多年的辦學過程中，建筑工程系始終強調面向經濟建設主戰場的意識，注重培養學生的實踐能力及創新能力。畢業生憑著扎實的基本功、銳意進取的創新精神、較強的社會活動能力等良好的綜合素質和實干精神贏得了用人單位和社會的廣泛好評。截至2012年底共培養了畢業生5000余人，許多畢業生已成為大型建筑規劃設計單位和建筑施工企業的骨干力量，就業率連續多年名列學院前列。2005年以來，有200多人分別考取清華大學、中國科學技術大學、東南大學、河海大學、合肥工業大學、大連理工大學、西安建筑科技大學、湖南大學、華僑大學等知名高校、科研機構的碩士研究生，考研錄取率保持在當年本科畢業生總數的15%。
土木工程專業（本科）本專業為中德合作共建專業實施安徽省“卓越工程師教育培養計劃”的專業
學制：四年授予學位：工學學士
培養目標：本專業培養適應社會主義現代化建設需要德、智、體全面發展，基礎知識和基本理論扎實，實踐能力強，綜合素質高，獲得土木工程師基本訓練的高級工程技術人才。通過四年的學習，掌握建筑設計、結構設計、工程施工和工程管理等方面的基礎知識和基本理論，具有工業與民用建筑結構設計能力，工程施工及管理能力。畢業生可以在建設單位、設計單位、建筑、監理等企業，以及在政府部門、教育和科研單位從事相關工作。
主要課程：材料力學、理論力學、結構力學、工程測量、工程圖學、土木工程材料、房屋建筑學、混凝土及砌體結構、土力學、基礎工程、鋼結構、建筑結構抗震設計、高層建筑設計、土木工程施工、工程造價、工程經濟與企業管理、道路勘測設計、橋梁工程、路基路面工程、計算機輔助設計等。
工程管理專業（本科）本專業為中德合作共建專業安徽省省級特色專業建設點
學制：四年授予學位：工學學士
培養目標：本專業培養德、智、體全面發展，適應社會經濟發展和現代化建設需要，掌握土木工程技術、工程法律法規、管理學、經濟學、財務管理、計算機應用等基本知識，具備工程管理、工程造價、房地產開發經營等能力，能夠從事建筑企業生產與經營、工程項目管理與咨詢、工程項目投資管理、工程造價編制及審計、房地產開發經營管理、建設工程監理等工作的復合型高級管理人才。畢業生可以在建設單位、設計單位、建筑企業、工程建設監理企業、房地產開發企業和工程咨詢企業等單位，以及在政府部門、教育和科研單位從事相關工作。
主要課程：管理學、運籌學、工程經濟學、工程測量、工程圖學、工程力學、房屋建筑學、工程項目管理、土力學與地基基礎、建筑結構、土木工程施工、建設法規、工程合同管理、工程項目融資與保險、財務管理、工程造價、工程建設監理、房地產開發經營、房地產估價等。
建筑學專業（本科）本專業為中德合作共建專業
學制：五年授予學位：工學學士
培養目標：本專業培養以掌握建筑學學科基本理論和技能為基礎，著力于培養基礎扎實、創新能力強、綜合素質高的未來建筑師，以及具有多種職業適應能力和實踐能力的復合型高級建筑工程技術人才。畢業生可從事建筑設計、城市規劃、建筑環境藝術設計、建設管理以及教學與科研等工作。
主要課程:建筑制圖與陰影透視、素描、色彩、建筑力學、建筑構造、建筑物理、建筑設備、建筑設計理論與方法、公共建筑設計原理、城市規劃原理、居住區規劃與住宅設計、景觀園林、室內設計、中國建筑史、外國建筑史、計算機輔助設計等。
報考本專業的考生，要求具有一定的美術基礎。
交通工程專業（本科）
學制：四年授予學位：工學學士
培養目標：本專業培養具備交通工程規劃、設計、施工及管理等方面知識，具有交通工程規劃、交通工程設計、交通工程建設與施工等方面能力的高級工程技術人才。畢業生可到交通運輸部門、城市軌道運營管理部門、城市規劃部門、勘察設計院及施工企業從事交通工程的設計、施工、監理、管理等相關工作，以及在教育和科研單位從事相關工作。
主要課程：結構力學、材料力學、工程力學、工程測量、工程圖學、交通規劃、系統工程、道路交通控制技術、軌道交通、交通工程經濟與法規、交通項目評價、道路工程監理、道路勘測設計、路基路面工程、橋梁工程、工程造價、計算機輔助設計等。
土木工程專業（本科，與德國合作培養）
學制：（2+3）授予學位：國內工學學士德國工學學士
培養目標：本專業學習借鑒德國應用科學大學人才培養模式，融合了東西方先進的教育思想和教育理念,發揮中、德大學的特色和優勢，培養德智體全面發展，系統地掌握工程力學、建筑結構和工程施工的基礎知識。學生畢業后可在建筑結構設計、工程施工和房地產管理等領域從事相關的工作。
實施方案：本專業是根據合肥學院與德國希爾德斯海姆——赫爾茲明登——哥廷根應用科學大學的合作辦學協議開設的專業，實行“2+3”雙文憑人才培養模式。學生學習分兩個階段完成，第一階段在我校完成兩年的基礎課程學習，達到德國應用科學大學要求的入學條件后，可赴德國希爾德斯海姆——赫爾茲明登——哥廷根應用科學大學選擇土木工程、建筑學、房地產經濟與管理、經濟工程等專業中的一個專業攻讀學士學位，完成第二階段的學習（按德國學校學分制）。在規定的學習期限內，修完兩校教學計劃規定的課程，成績合格，可獲得雙方院校頒發的學歷證書，符合雙方院校學士學位授予條例的，可授予雙方學士學位。
主要課程(國內部分)：高等數學、德語、專業德語、大學物理、工程圖學、房屋建筑學、建筑力學等。
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